Zasady prowadzenia przez Urząd rejestrów, ewidencji i archiwum regulują następujące przepisy:

• Regulamin organiczacyjny Urzędu Skarbowego w Braniewie
• Zarządzenie nr 34 Ministra Finansów z dnia 30 października 2003r. w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt w tych organach.
• Instrukcje obsługi i przetwarzania dokumentów.

 W Urzędzie funkcjonuje archiwum zakładowe.
 Wykaz rejestrów prowadzonych w Urzędzie:

• Rejestr identyfikacji podatników,
• Rejestr zaświadczeń,
• Rejestr zastawów skarbowych,
• Rejestr kas fiskalnych

Sposób i zasady udostępniania danych wynikających z ww. rejestrów i ewidencji określone są przepisami następujących aktów prawnych:

• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa 
• ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług 
• ustawa z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników