W dniu 30 stycznia 2023 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie podpisał Zarządzenie Nr 7/2023 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie. Zarządzenie wchodzi w życie 1 lutego 2023 r.
Zarządzeniem Nr 54/2023 z dnia 25 sierpnia 2023 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie wprowadził zmianę nr 1 regulaminu organizacyjnego Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie. Zmiana nr 1 obowiązuje od 1 września 2023 r.