Organizację Urzędu Skarbowego w Braniewie reguluje Zarządzenie Nr 36/2025 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 23 maja 2025 r. w sprawie nadania Urzędowi Skarbowemu w Braniewie regulaminu organizacyjnego wraz z Zarządzeniem Nr 39/2025 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 29 maja 2025 r. zmieniającym zarządzenie w sprawie nadania Urzędowi Skarbowemu w Braniewie regulaminu organizacyjnego.
Regulamin utworzono na podstawie przepisów Statutu Urzędu Skarbowego, stanowiącego załącznik nr 7 do Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 13 marca 2025 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Fin. poz. 19 i 21)."
