W Urzędzie Skarbowym w Ostródzie prowadzone są następujące rejestry:

• ewidencja podatników, płatników podatków i płatników składek ubezpieczeniowych - prowadzona w systemie informatycznym Poltax,
• rejestr podatników podatku od towarów i usług (VAT) i podatników VAT UE - prowadzony w systemie informatycznym Poltax,
• rejestr zastawów skarbowych,
• rejestr wydanych zaświadczeń,
• ewidencja przekazanych lub otrzymanych informacji w sprawach zaświadczeń

Sposób i zasady udostępniania danych wynikających z ww. rejestrów i ewidencji określone są przepisami następujących aktów prawnych:

• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa 
• ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług 
• ustawa z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników 

Dokumentacja związana z nadaniem NIP oraz aktualizowaniem danych jest gromadzona i przechowywana w urzędach skarbowych, nie podlega przekazaniu do archiwów państwowych.
Urząd prowadzi archiwum akt.