Organizację Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie reguluje Zarządzenie Nr 44/2025 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 30 maja 2025 r. w sprawie nadania Warmińsko-Mazurskiemu Urzędowi Skarbowemu w Olsztynie regulaminu organizacyjnego.
Regulamin utworzono na podstawie przepisów Statutu Urzędu Skarbowego, stanowiącego załącznik nr 7 do Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 13 marca 2025 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Fin. poz. 19 i 21).
