Ministerstwo Finansów informuje, że co do zasady dla jednej deklaracja powinien być złożony jeden plik, dlatego też odrębne pliki powinny być scalone przed ich wysłaniem. Zachowanie takich reguł bezpośrednio przekłada się na wyniki analiz plików JPK prowadzonych przy użyciu narzędzi informatycznych, bowiem drugi i kolejny plik za ten sam okres traktowany jest jak korekta pierwotnego. O uznaniu pliku za podstawowy lub korektę decyduje pole „cel złożenia" (1- plik podstawy, 2 – plik skorygowany). Gdy w różnych plikach pole to ma taka samą wartość, decydujące znaczenie ma data złożenia pliku a w przypadku złożenia w tym samym dniu - godzina przesłania pliku. To właśnie data utworzenia JPK – determinuje, który z przesłanych plików JPK_VAT jest plikiem finalnym.
Obecnie zdarzają się sytuacje, w których podatnicy pomimo składania jednej deklaracji VAT przesyłają kilka plików JPK_VAT dotyczących tej samej deklaracji (co może wynikać ze struktury danego przedsiębiorstwa oraz rozwiązań wprowadzonych dla celów ewidencyjnych, np. funkcjonowania kilku systemów).
Ministerstwo Finansów podkreśla, że zastosowanie się do powyższego zalecenia
i dostosowanie używanych systemów informatycznych do wskazanych wymagań wyeliminuje sytuacje, w których podatnik otrzyma powiadomienie o stwierdzonych nieprawidłowościach z uwagi na uznanie tylko jednego z plików, jako aktualnie obowiązującą wersję.
Dodatkowo Ministerstwo Finansów prosi także o dochowanie staranności przy wypełnianiu poszczególnych pozycji pliku JPK, przypominając, że pola „od" i „do" powinny zawierać odpowiednio pierwszy i ostatni dzień miesiąca za który jest składany plik.