Terytorialny zasięg działania Urzędu Skarbowego w Kętrzynie obejmuje powiaty kętrzyński i mrągowski:
- Powiat kętrzyński: miasto Kętrzyn, gminy Barciany, Korsze, Reszel i Srokowo.
- Powiat mrągowski: miasto Mrągowo, gminy Mikołajki, Piecki i Sorkwity.
W Mrągowie funkcjonuje Stały Punkt Obsługi Podatników Urzędu Skarbowego w Kętrzynie.
