Zarządzeniem Nr 28/2017 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 3 marca 2017 r. nadany został Regulamin organizacyjny Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie.
Regulamin zgodny jest ze Statutem Urzędu Celno- Skarbowego, stanowiącym załącznik nr 9 do Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Roz. i Fin. poz. 41).